Possivelmente trata-se de um serviço com etapas, onde se tem um intervalo/tempo de espera entre o início e finalização do mesmo. Para fazer a verificação basta entrar no serviço em questão e verificar se existem etapas cadastradas.
Veja como verificar:
1. Primeiramente clique em configurações, em seguida clique em serviços.
2. Agora selecione o profissional, e clique em alterar no serviço do agendamento que está duplicado. Em seguida, role a página até o final e aqui você poderá ver se o serviço tem etapas ou não. Caso tenha, esse é o motivo de ter o agendamento duplicado em sua agenda.